据《国际先驱导报》报道，虽然脱胎于“基地”伊拉克分支，但“伊斯兰国”在壮大过程中却形成了独特的理念和目标，乃至与“基地”产生冲突，这点最早表现在叙利亚战场上。
　　
　　在叙利亚内战中，“基地”组织叙利亚分支——“努斯拉阵线”主要以推翻叙利亚总统巴沙尔·阿萨德为目标，希望尽可能团结所有穆斯林。但“伊斯兰国”则以建立纯净的宗教国家为己任，同时不顾基地组织关于“避免激化与当地民众关系”的告诫，对叙利亚当地居民，尤其其眼中的异教徒进行残忍迫害。巴格达迪更是野心勃勃，一心要吞掉“努斯拉阵线”，与该组织头目阿布·穆罕默德·约拉尼的矛盾日趋白热化。
　　
　　最终，双方爆发自相残杀的战斗，长达8个月之久。虽然扎瓦希里此后以“基地”头目名义“出面”干涉，要求巴格达迪退回伊拉克，但巴格达迪拒绝从命，并发表录音宣称，在扎瓦希里和信仰之间，自己选择后者。巴格达迪发言人甚至指责扎瓦希里分裂“基地”，要求其解除约拉尼职务，不要再坚持错误。撕破脸之后，2014年2月，扎瓦希里断绝了与“伊斯兰国”的关系。
　　
　　专家认为,“伊斯兰国”与“基地”组织、“努斯拉阵线”之间的分歧不仅局限在势力范围上，而且涉及战略、战术和伊斯兰教权威等其他重要方面。在一些诸如执行严格的伊斯兰教法、杀死什叶派公民和一个组织是否有权统辖其他所有组织等问题上，它们之间的意见也不同。与“基地”组织相比，“伊斯兰国”通常行事更为激进、拒绝妥协。
　　
　　更重要的是，与“基地”组织扬言进行全球圣战并在西方制造恐怖袭击事件不同，“伊斯兰国”在遭到西方空袭和打击前，更像是一个依照地方“圣战”逻辑和以地区议事日程为主的组织，其目标就是建立宗教国家。
　　
　　“基地”组织，港澳译作盖达组织、台译盖达组织、马新译作卡伊达组织；又译凯达组织、开打组织，是一个伊斯兰教军事组织，成立于1988年，被指策划了多宗主要针对美国的恐怖袭击；其被联合国安全理事会列为世界恐怖组织之一。
　　
　　“基地”组织于1988年苏联入侵阿富汗斯坦后期由沙特阿拉伯富商本·拉登创立，其最初目的是以此组织为基地，来训练和指挥与入侵阿富汗斯坦的苏联军队战斗的阿富汗义勇军。苏军撤退后，目标转为美国和伊斯兰世界的“腐败政权”，消灭全世界入侵伊斯兰世界的西方国家，以建立一个纯正的伊斯兰国家。
　　
　　该组织主要在中亚、中东地区活动。基地组织的最高领导是以本·拉登为首的中央委员会，下设有4个专门职能委员会。训练内容包括学习原教旨主义教义，学习使用轻型武器、使用电脑等。
　　
　　“伊斯兰国”（英语：Islamic State，缩写：IS），前称“伊拉克和大叙利亚伊斯兰国”（英语：Islamic Stateof Iraqandal Shams，缩写：ISIS），阿拉伯国家和部分西方国家称为“达伊沙”（DAESH），是一个自称建国的活跃在伊拉克和叙利亚的极端恐怖组织。
　　
　　IS前身是2006年在伊拉克成立的“伊拉克伊斯兰国”。“alShams”的意思是“大叙利亚”，即叙利亚、黎巴嫩、约旦、以色列和巴勒斯坦。该组织的目标是消除二战结束后现代中东的国家边界，并在这一地区创立一个由基地组织运作的酋长国。
　　
　　2014年6月29日，该组织的领袖阿布·贝克尔·巴格达迪自称为哈里发，将政权更名为“伊斯兰国”，并宣称自身对于整个穆斯林世界（包括历史上阿拉伯帝国曾统治的地区）拥有权威地位。2014年9月，美国组建了一个包括英国、法国等54个国家和欧盟、北约以及阿盟等地区组织在内的国际联盟以打击IS。